Tòa được chia thành 2 viện (Senat) và 6 phòng (Kammer) với thẩm quyền chuyên môn khác nhau. Tòa có quyền thay đổi thẩm quyền của các viện và phòng thông qua quy định điều hành do chính tòa đưa ra. Kinh nghiệm tư pháp và trọng tâm của các thành viên ngày càng được quan tâm đến. Nói một cách đơn giản, trước đây có thể phân chia viện thứ nhất là "Viện về quyền công dân" và viện thứ hai là "Viện luật quốc gia": Viện thứ nhất có trách nhiệm về những câu hỏi của dẫn giải các điều 1 đến 17, 19, 20 khoản 4, 33, 38, 101, 103 và 104 của Hiến pháp, trong khi tranh chấp giữa những cơ quan hiến pháp hay vụ việc cấm đảng phái được đưa ra trước viện thứ hai. Ngày nay việc phân chia này không còn đúng nữa vì cả hai viện xét xử vụ việc tùy theo chuyên môn. Bằng mật độ kiểm tra cao qua việc hành luật, Tòa án Hiến pháp Liên bang đã hình thành mật độ điều chỉnh của hệ thống luật pháp Đức.

Khởi đầu, mỗi viện có 12 thẩm phán. Năm 1963, con số thẩm phán được giảm xuống còn 8, bao gồm cả chánh án và phó chánh án của Tòa án Hiến pháp Liên bang, mỗi người đứng đầu một viện. Một viện có khả năng phán quyết khi ít nhất có 6 thẩm phán hiện diện. Vì con số thẩm phán trong một viện là con số chẵn nên trường hợp hòa là có thể xảy ra. Người đề đơn hay người dẫn đầu cuộc khiếu nại thắng cuộc khi ít nhất có 5 thẩm phán đồng ý với quan điểm luật pháp của người đó.

Các viện triệu tập nhiều phòng trong lãnh vực làm việc của viện, bao gồm 3 thẩm phán mỗi phòng. Các phòng này quyết định về khiếu nại hiến pháp, về kiểm tra chuẩn mực cụ thể và về quy trình theo ủy ban điều tra của quốc hội thay cho viện và vì thế giảm gáng nặng cho viện. Trong thời gian này mỗi viện bao gồm 3 phòng. Theo đó thì một số thẩm phán là thành viên đồng thời của nhiều viện.

Trong một quyết định có đa số, những thẩm phán thuộc thiểu số, hoặc là từng thẩm phán một hoặc là cùng nhau, có khả năng thêm vào quyết định của tòa một biểu quyết đặc biệt dưới tựa đề "Ý kiến khác của thẩm phán...".

Để thống nhất việc phán quyết, tòa họp hội nghị toàn thể khi một viện không đồng ý với việc phán quyết của viện kia. Điều này cần đến một nghị quyết của viện không đồng ý. Hội nghị toàn thể bao gồm tất cả các thẩm phán, đứng đầu là chánh án. Cho đến ngày nay, hội nghị toàn thể được triệu tập 2 lần.

Vì nhiều quyết định được các cộng tác viên khoa học chuẩn bị trước nên một "viện thứ ba" thỉnh thoảng cũng được nói đến trong giới luật sư.